Шао Кан, проигравший Лю Кан в битве (события МК2) и уставший от поражений его слуг на турнирах против землян, начинает приводить в действие план, начало которому было положено 10 000 лет назад. По его приказу Теневые жрецы, возглавляемые Шан Цуном должны были оживить бывшую королеву Кана — Синдел, которая умерла почти сразу после захвата Каном Эдении. По замыслу Кана, Синдел должна была воскреснуть не во Внешнем Мире, а на Земле, что дало бы право Кану открыть портал в Земное Царство и захватить планету, обойдя правила Смертельной Битвы.
Когда Синдел воскресла в Земном царстве, Шао Кан открыл портал на Землю и потребовал свою королеву. Его действия привели к тому, что Земля стала частью Внешнего Мира и души миллиардов людей мгновенно стали собственностью Шао Кана. Только несколько человек уцелело по всей планете, благодаря Райдэну, который защитил их души во время вторжения. Бог грома даёт указание выжившим — остановить Кана, но сам он не имеет права вмешиваться из-за своего статуса Защитника Земного Царства. Райдэн не имеет силы во Внешнем Мире, а Земля частично стала частью Внешнего мира.
Для уничтожения избранных воинов, Шао Кан отправляет на Землю отряды истребителей под предводительством Мотаро. Защита Райдэна распространяется только на души избранных воинов, не на их тела, а это значит, что прежде, чем уничтожить Шао Кана, землянам надо постараться выжить в боях со слугами Императора.
Mortal Kombat 3 следует за Mortal Kombat 2, и происходит в то же время, что и Ultimate Mortal Kombat 3 и Mortal Kombat Trilogy, которые были апдейтами МК3. Следующей новой игрой серии стал Mortal Kombat 4.
wikipedia
Mortal Kombat 3 для Sega - это продолжение cаги о попытках Императора захватить Землю и сделать её частью внешнего мира. Шон пытается обойти правила Mortal Kombat, поскольку выиграть схватки в честном бою у его бойцов у противников, представляющих Землю, у него никак не выходит. Он также воскрешает Силану, мать Китаны, которой более 10 тысяч лет. Только он воскрешает её без памяти, и та поначалу совершенно лояльно к нему относится. Китана же убивает своего клона, сбегая на Землю.
И туда Император отправляет Джейт, лучшую подругу детства Китаны, о которой мало что известно. Но постепенно Джейт становится полноценным игровым персонажем, довольно неплохо обученным, хотя и не умеющим профессионально выигрывать бои. Видно, что Китана её сильнее, так как победа раз за разом остаётся за принцессой. Сюжет игры предполагает также встречу с Грозовым богом, на этом раз в слегка видоизменённом обличье. Меняется далеко не только сюжет, появляются новые параметры боя.
Так, по требованиям игроков в режим боя ввели параметр «бег». Теперь минимизированы преимущества тех, кто будет драться, а не выбирать тактику постоянного отступления, защиты и ухода в глухую оборону. Эту тактику выбирали раньше, во второй части, получая больше возможностей для манёвров.